Milli Onkologiya Mərkəzi respublika əhalisinə göstərilən ixtisaslaşmış onkoloji yardım üzrə aparılan elmi-metodik və profilaktik işlərin koordinasiyası ilə məşğul olan əsas mərkəz funksiyasını daşıyır. Buraya professor A.T.Abbasov ad. Bakı onkoloji dispanserindən, 7 rayonlararası onkoloji dispanserlərindən (Naxçıvan, Xankəndi, Sumqayıt, Şəki, Mingəçevir, Şirvan, Lənkəran) və 100-ə qədər onkoloji kabinetlərdən onkoloji xəstəliklərlə xəstələnmiş insanların diaqnostikası və müalicəsi haqqında məlumat verilir.
2012-ci ilin martında Uşaq Onkoloji Klinikası yaradılıb. Hazırda Milli Onkologiya Mərkəzinin bütün regionda flaqman müəssisəsi sayılan Uşaq Onkoloji Klinikasında kimyəvi terapiya, şüa terapiyası, cərrahi müalicə, immun terapiyası və digər kompleks müalicə üsulları çox yüksək səviyyədə tətbiq edilir. Klinikada uşaq cərrahiyyəsi, uşaq kimyəvi terapiyası, uşaq şüa terapiyası, uşaq anesteziologiya və reanimasiyası bölmələri var. Milli Onkologiya Mərkəzinin regionda ilk uşaq klinikasının yaradılmasına Prezident İlham Əliyev və Birinci vitse-prezident Mehriban Əliyeva böyük töhfə veriblər.