Национальный Онкологический Центр выполняет основную функцию координации научно-методической и профилактической работы по специализированной онкологической помощи республиканскому населению. Он предоставляет информацию о диагностике и лечении онкологических заболеваний людей из Бакинской онкологической диспансерской, семи межрайонных онкологических диспансеров (Нахичевань, Ханкенди, Сумгаит, Шеки, Мингечаур, Ширван, Ленкеран) и около 100 онкологических кабинетов.
В марте 2012 года была создана Детская Онкологическая Клиника. В настоящее время в Детской Онкологической Клинике, которая считается флагманским учреждением Национального Онкологического Центра в регионе, высокоэффективно применяются методы химиотерапии, лучевой терапии, хирургического лечения, иммунотерапии и другие комплексные методы лечения. Клиника включает отделения детской хирургии, детской химиотерапии, детской лучевой терапии, детской анестезиологии и реанимации. Создание первой в регионе детской клиники Национального Онкологического Центра стало большим подарком Президента Ильхама Алиева и Первого вице-президента Мехрибан Алиевой.