Деятельность центра охватывает следующие направления:
1) Реализация функций национального центра по мониторингу здоровья населения;
2) Организация и контроль общей связи и надзора за вопросами информатизации в здравоохранении;
3) Участие в реализации научно-технической политики, направленной на решение проблем информатизации в здравоохранении;
4) Работа в других направлениях, определенных законодательством.