Колледж в период с 1975 по 1987 годы функционировал как Медицинская школа № 2, а с 1988 по 2009 годы как Базовая медицинская школа № 2. В соответствии с указом Президента Азербайджанской Республики от 14 июня 2007 года № 589 и приказом Министерства здравоохранения от 18 июня 2007 года № 68 Медицинская школа № 2 была переименована в Базовую медицинскую школу № 2 и ей были переданы полномочия по проведению "Курсов специализации и повышения квалификации" для средних медицинских работников. В соответствии с решением Кабинета Министров Азербайджанской Республики от 16 июня 2010 года № 112 и приказом Министерства здравоохранения от 25 июня 2010 года № 47 Медицинская школа № 2 была переименована в Медицинский колледж № 2 в городе Баку. В настоящее время в колледже подготавливаются специалисты по 7 специальностям среднего медицинского персонала: фельдшер, акушерка, медицинская сестра (медицинский брат), фармацевт, фельдшер-лаборант, зубной техник и санитар-фельдшер.